Karolinska Institutet

Snabbare resultat och en mer effektiv arbetsmiljö för teamet på KI tack vare nytt högprestanda-datasystem 

Forskningscentret CTMR på Karolinska Institutet i Stockholm analyserar DNA från mikrobiella prover och enheten Bioinformatik och Systemutveckling ansvarar för att tillsammans med de kliniska medarbetarna analysera och tolka de data som produceras av labbverksamheten. Det kräver en stabil och stark plattform och högpresterande datasystem.

Nya teknologier och inflödet av covid-relaterade prover har också bidragit till att datamängderna ökat drastiskt. Tidigare har enheten använt sig av nationell infrastruktur för större beräkningslaster men behovet av egna system hade blivit allt tydligare under den senaste tiden.

Fredrik Boulund är enhetschef på Bioinformatik och systemutveckling på CTMR vid KI och beskriver att det har skett ett teknologiskt skifte i hur man genererar och analyserar mikrobiomdata under de senaste åren. Numera är det flera terabyte data som genereras varje vecka och enheten hade växt ur sina befintliga system. 


Fotograf: Håkan Målbäck

Fredrik Boulund, enhetschef på Bioinformatik och systemutveckling på CTMR vid KI.

Utmaning

- Under coronapandemin skalade vi upp och dirigerade om verksamheten till att göra corona-diagnostik. Precis i det skiftet blev det uppenbart att vi har växt ur de resurserna vi har haft till vårt förfogande tidigare. Det var dags att se sig om efter andra alternativ, och för en akademisk forskningsgrupp finns det ganska många olika vägar att gå, säger Fredrik Boulund. 

I Sverige finns det nationell infrastruktur (Swedish National Infrastructure for Computing; SNIC) för beräkning som tillgängliggör högprestanda-datasystem för forskare. Men när CTMR de senaste åren genomgått ett teknologiskt skifte och skalade upp de genererade datamängderna, i kombination med det oförutsedda arbetet med corona-diagnostiken så var det inte effektivt att behöva sitta och vänta i kö tillsammans med andra forskares beräkningar i de stora delade systemen. 

 Lösning

 

Teamet kände ett behov av att korta ner feedbackcykeln, för att få snabbare svarstider på alla jobb man skickar in. De valde att gå mot en lokal lösning där de själva har kontroll över miljön. Allt började med en så kallat PoC (Proof of Concept) där de under drygt en månad kunde testa ett system för att se om det kunde passa. Tillsammans med sin kontaktperson Nils Boman på Advania kunde Fredrik och hans team testköra olika belastningar och dessutom bolla idéer och ställa frågor:  

- Det har varit ovärderligt. Jag har spenderat väldigt mycket tid med Nils och bollade olika idéer och lösningar. Vi hade inte kunnat uppnå de effekter vi ser att den nya lösningen gett på så kort tid utan det stödet, menar Fredrik. 

Effekt

Med större beräkningskraft och fördelen att slippa stå i kö i ett nationellt system får medarbetarna dessutom bättre förutsättningar:  

 - Det underlättar för forskarna i teamet att kunna fokusera på ett arbete i taget med en kort feedbackloop, i stället för att behöva ta upp något nytt för att utnyttja tiden medan du väntar på resultat från beräkningsjobbet du skickade in för ett par dagar sedan, säger Fredrik.

Fredrik ser det också som en stor vinst att enheten valde att hantera systemet själva. Det gör dem flexibla och snabba och de kan lösa sina behov på kort tid utan att behöva vänta in extern hjälp eller tidvids långsamma ansökningar för mer resurser. Nu kan enheten enklare koppla på alla labbsystem i ett stort gemensamt system och därmed korta ner svarstiderna för exempelvis kvalitetskontroller av labbprocesser eller andra längre pågående projekt.

Speciellt viktigt med korta svarstider är det för analys och bedömning av virusvarianter, för att se om det finns någon risk om de har blivit toleranta mot vaccinet eller anpassat sig. I den verksamheten är det väldigt tydligt att det finns ett starkt behov av kort turnaround-tid.  

Kontakta mig

 

 

Nils Boman
Presales Engineer Datacenter
+46 70 214 9042
nils.boman@advania.com

Fakta

  • Centre for Translational Microbiome Research (CTMR), Karolinska Institutet har valt att använda en Hitachi Vantara konvergerad infrastrukturlösning med Hitachi VSP Lagringsplattform 
  • CTMR har valt att jobba tillsammans med Hitachi Vantaras partners Cisco och VMware 
  • Advanias datacenterspecialist Nils Boman bidrog med expertis och tätt samarbete med enhetschefen Fredrik Boulund 

?i